El Programa de Doctorado se beneficia de intercambios frecuentes con la comunidad científica internacional en física, con la visita de profesores extranjeros y la estadía por temporadas en el exterior, en centros de investigación avanzada, de los profesores y estudiantes del Programa. Ciertas instituciones en el extranjero participan  estrechamente en esta labor, incluyendo universidades y laboratorios, con las cuales se colabora para el mutuo aprovechamiento de los programas curriculares y las facilidades para la investigación.

También existe la posibilidad de hacer un programa conjunto con universidades de prestigio en el exterior.

De acuerdo con el párrafo anterior, el Programa de Doctorado arranca con dos convenios de cooperación  firmados entre Uniandes y la Universidad Estatal de Michigan (en East Lansing) y la Universidad de Rochester (en Nueva York).

Los estudiantes inscritos en el Programa de Doctorado son estudiantes de tiempo completo llamados Estudiantes de Posgrado. El estudiante admitido tiene un profesor consejero (quien usualmente es el futuro Director de Tesis) y quien elabora un plan preliminar de estudios para satisfacer la formación deseada y los créditos necesarios. Las labores de este profesor consejero son pronto reemplazadas por el Director de Tesis.  Mas allá de ciertos cursos, seminarios, exámenes obligatorios e investigación de tesis, no hay un detallado curriculum prescrito para el Doctorado en Física y cada caso se elabora de acuerdo a las necesidades particulares. La valoración final de la calidad de la tesis es el elemento más importante del Programa, pero se utiliza el sistema de créditos para reconocer avances en los estudios.
Plan de estudios
Se requieren para el título al menos 54 créditos de los cuales 18 deben ser de cursos obligatorios y 36 créditos entre seminarios y labores de investigación.  Cada curso o seminario de posgrado (tomado en la Universidad o tomado fuera de ella y aceptado por el Comité de Posgrado) vale 3 créditos, y cada curso denominado “tesis” (tomado obligatoriamente con un Director de Tesis cada semestre después de aprobado el Examen de Candidatura) se le asigna entre 3 y 9 créditos, dependiendo del tiempo de dedicación del estudiante durante el semestre a la investigación.
Se ofrece a los estudiantes la oportunidad de realizar actividades académicas complementarias, tales como labores de asistentes de enseñanza o investigación. Es posible terminar el doctorado en tres años y el plazo máximo es siete años.

Este curso pretende que el estudiante alcance familiaridad con técnicas de análisis de datos.  Se estudiarán la estadística y el manejo de datos experimentales, simulaciones Monte Carlo, técnicas de ajustes a curvas, análisis de errores estadísticos y sistemáticos, filtraje de ruidos de fondo.

Este curso enfocado a obtener familiaridad con técnicas experimentales de altas energías a nivel de hardware.  Se estudiarán aceleradores de partículas, óptica de los haces de partículas, física de la detección de partículas, tipos de detectores, la electrónica y su lógica, sistemas de adquisición de datos.